Osmanlı sultanlarının onikincisi ve İslam halifelerinin yetmişyedincisidir. 1574-1595 yılları arasında hüküm sürmüştür.
Babası İkinci Selim Han, annesi Nur Banu Sultan’dır. 1546 yılında Manisa’nın Bozdağ yaylağında doğdu. Küçük yaştan itibaren Manisa’da değerli hocalar huzurunda tahsil ve terbiye gördü. 1558 senesinde dedesi Kanuni Sultan Süleyman tarafından Alaşehir sancak beyliğine tayin edildi. Babası II. Selim Han’ın tahta geçmesinden sonra Manisa sancak beyliğine getirildi. Bu vazifesi sırasında kıymetli hocalardan askeri ve idari bilgileri öğrendi. 15 Aralık 1574’te babasının vefatı üzerine Manisa’dan İstanbul’a gelerek 22 Aralık 1574’te Osmanlı tahtına çıktı.
1575’te Venedik, 1576’da İran ve 1577’de Avusturya ile eski sulh antlaşmalarını yeniledi. 1578’de Osmanlı topraklarındaki yıkıcı ve bölücü faaliyetleri dolayısıyla İran’a sefer açtı. Bu sefer sırasında bilhassa Özdemiroğlu Osman Paşa İran kuvvetlerini üst üste mağlubiyete uğrattı. Azerbeycan, Tiflis, Nihavend ve Hemedan bölgeleri Osmanlı hakimiyetine katıldı. Bu sırada Portekizliler Osmanlı himayesi altında bulunan Fas’a büyük kuvvetlerle saldırmışlardı. Portekiz ordusunu karşılamak vazifesi Divan-ı Hümayun tarafından Ramazan Paşa’ya verildi. Ramazan Paşa Vadi’s-Seyl ovasında Portekiz ordusunu büyük bir bozguna uğrattı. Portekizlilerin ölüleri arasında kralları, büyük asilzadeleri ve devlet adamları da vardı. Kurtulabilenler donanma ile kaçmaya çalışırken bunlara da Sinan Reis ağır kayıplar verdirdi. Bu zafer ile Fas, Osmanlı Devleti’ne daha kuvvetli bir şekilde bağlandı. 11 Mayıs 1583’te üç gün üç gece devam eden ve gece de ateşler yakılarak devam edilmesi dolayısıyla Meşaleler savaşı denilen çarpışmada Özdemiroğlu Osman Paşa İran kuvvetlerini perişan etti. Bu zaferin ardından Revan fethedildi. İran’la 1590 yılında İstanbul’da sulh antlaşması imzalandı. Buna göre İran bütün Osmanlı fütuhatını tanıyor ve ülkede sünni büyüklere dil uzatmamayı taahhüt ediyordu.
1592 yılında Bosna ve Macaristan hududunda vuku bulan olaylar Osmanlı Devleti ile Avusturya arasındaki antlaşmayı bozdu. Neticede Avusturya ile on üç sene devam edecek olan savaş başladı. Serdar-ı ekrem Sinan Paşa 13 Eylül 1594’te Yanıkkalesi önünde Avusturya kuvvetlerini bozdu ve kaleyi zaptetti. Ancak Avusturya meselesi kesin olarak halledilmeden Sultan III. Murat Han 15/16 Ocak gecesi vefat etti. Naşı Ayasofya Camii yanındaki babası II. Selim Han’ın türbesine defnedildi. Sultan III. Murat Han Arapça ve Farsça’yı çok iyi bildiği gibi, İslamî ilimlerin tamamına vakıf olup, bazı ilimlerde mütehassıs idi. Tedbirli hareket eder, ifrattan (aşırıya kaçmaktan) ve küçük bir haksızlık yapmaktan çok sakınırdı. Şair bir sultan olup Muradî mahlasıyla şiirler yazmıştır.
Murat Han devrinde Osmanlı Devleti en geniş sınırlarına erişti. Ülkede pek çok bayındırlık eseri ile ilim, kültür ve sanat merkezleri inşa ettirdi. Kabe-i Şerif duvarlarını mermerden yaptırdı. Harem-i Şerif’in su yollarını temizletti. Medine’de bir medrese, mektep ve zaviye, Manisa’da bir cami, medrese, imaret ve tabhaneden meydana gelen Muradiye külliyesi en önemli eserleri arasındadır.
