Mahmud Paşa Camisi Eminönü, tabhaneli ya da zaviyeli cami denilen erken dönem Osmanlı camileri tipinde yapılmıştır. Fakat kendinden önce yapılan bu tür camilerden bazı plan özellikleriyle farklılaşır. Bu da bize bu tür camilerin gerçek işlevleri konusunda yeterli bilgi sahibi olmadığımızı göstermektedir. Cami hizmeti gören yapı aksındaki iki büyük kubbeli bölümüne (ortalama 25,45×11,90 m) doğrudan son cemaat mahallinden değil, fakat Bursa’daki Yeşil Cami’de olduğu gibi, bir vestibülden üç basamakla girilir. Fakat birbirlerinden büyük bir taçkemerle ayrılan iki kubbe altındaki hacimler, Bursa camilerinde olduğu gibi, bir seki ile ayrılmamışlardır. Aralarında bir basamaktık kot farkı vardır. Başka bir deyişle bu hacim sadece namaza ayrılmıştır. Bu bölümdeki hiçbir litürjik öğe ve bezemesel ayrıntı 18. yy’dan önceye ait değildir. Büyük bir olasılıkla küresel üçgen olan kubbe geçit öğeleri de bu geç dönem onarımlarında sadeleşmiştir. Hünkâr mahfeli ise, 1828 tarihlidir.
İbadet bölümünü üç taraftan çevreleyen koridorlar, açıkça bilmediğimiz, fakat planın düzenlenmesinde belirgin olan değişik işlevli hacimlere bağlanmaktadır. Koridorlar üzerinde iki tarafta simetrik olarak yerleştirilmiş ve ortada kubbeyle örtülü bir eyvana açılan kubbeli iki oda, bir ünite oluşturmaktadır. Bugünkü biçimleriyle bu hacimlerin bu tür yapılarda daha önce görülen tabhane işlevi için tasarlandığını söylemek zordur. Odalarda ocak olmaması ve birbirlerinden farklı biçimleri ve belgelerde herhangi bir tabhaneden söz edilmemesi, bunların başka bir işlev için yapılmış oldukları kanısını uyandırmaktadır. Ne var ki Afyon’daki Gedik Ahmed Paşa Camisi’nde (1472), ortadaki iki kubbeli cami hariminin iki yanında dışa açık eyvanlar etrafındaki odalardan oluşan tabhane bölümleri, burada bulunan ve içerdeki koridora açılarak cami ile ilişkileri kesilmiş hacimleri yorumlamamıza yardımcı olabilir. Külliyenin ayrı bir medresesi ve sıbyan mektebi olması bu bölümlerin bu amaçla kullanılmış olmaları olasılığını azaltır. Burasının bir zaviye olarak kullanıldığına ilişkin herhangi bir belge de yoktur. Bu üç kubbeyle örtülü, iki yanında odalar bulunan eyvanlı klasik plan öğesi, restorasyonlar sırasında özgün plan niteliklerini değiştirmiş olabilir. Tabhane olarak yapılmış olması da çağın bütün eğilimlerine uygundur.
Yapının giriş bölümünde son cemaat mahallinden girilen ve 15. yy örtü öğelerinin mukarnaslı ve yivli karakteristik kubbeleriyle örtülü, Bursa’daki Yeşil Cami vestibülüne benzeyen zengin bezeme yan bölümlerde yoktur. Dolayısıyla tıpkı son cemaat mahallinin tahrip olması gibi, yan bölümlerin de, işlevleri hakkında ipucu verecek özelliklerini yitirmiş oldukları düşünülebilir. Girişteki ilginç vestibülün giriş duvarında ikişer basamakla çıkılan sofalar vardır. Bu sofaların döşemeleri vestibülün iki ucundaki kubbeli oda döşemeleriyle birleşmektedir. Bunların oturmak için yapıldıkları ve işlevlerinin yandaki odalara hizmet vermek olduğu düşünülebilir. Vestibül, yanlardaki koridorlara bağımsız bir giriş de sağladığı için yapının üçlü işlev alanlarını birleştirmek amacıyla yapıldığı anlaşılmaktadır. Bu bölüm, koridorlarla diğer yan bölümlerden ayrıldığına göre, bağımsız bir işleve tahsis edilmiş olmalıdır. Bunun kuzeydeki odasının, sözü edilen Mahmud Paşa Mahkemesi işlevini gördüğü bir olasılık olarak ileri sürülebilir. Yan bölümler başlangıçta tabhane odaları olarak düşünülmüş olsa bile, bugünkü düzenlemeleriyle, belgelerden saptayamadığımız bir işlevleri (büyük bir olasılıkla yine dini eğitim) olmalıdır. Bu iki bölümü ayıran koridorlar burada oturanların dış avluya çıkmalarını sağlamak için yapıldığına göre, bu bölümde insanların yaşadığını düşünmek gerekir. Dış avluda olması gereken özgün helaların nereye yerleşmiş olduğunu bilmiyoruz. Caminin özgün bezemesi, 15. yy mukarnaslı mermer kapı nişlerinin İstanbul’daki ilk örneklerinden olan caminin esas giriş kapısı ve vestibülün üç orta kubbesidir. Cümle kapısı, yapının 15. yy’dan kalma en eski parçasıdır. Caminin minaresi vakıf restorasyonlarında klasik minare tasarımına dönüştürülerek özgün biçimini yitirmiştir.
