Vagotomi, peptik ülser tedavisinde, midenin asit salgısını ve hareketliliğini azaltarak ülserdeki iyileşme sürecini hızlandırmak ve yeni ülser oluşumunu önlemek amacıyla uygulanan cerrahi girişim. Vagus sinirinin mideye ulaşan dallarını yok etmeye ya da bir bölümünü kesmeye (kısmi) dayanır. Günümüzde kısmi vagotomiye daha sık başvurulmaktadır.